Wnętrze zostało doskonale zaplanowane. Pod tym względem Yaris bije na głowę wiele aut znacznie większych i droższych. Wygodnie podróżuje się na przednich, dobrze wyprofilowanych fotelach. Nawet dłuższe wyjazdy nie powodują bólu pleców. Wysoko umieszczone fotele nie tylko zapewniają wygodne wsiadanie i wysiadanie, ale także poprawiają obserwację drogi. Trochę gorzej jest na tylnych kanapach. Czują się tu dobrze nawet wysocy pasażerowie, ale gorzej z miejscem na kolana.
Deskę rozdzielczą można śmiało uznać za oryginalną. Wszystkie wskaźniki i lampki kontrolne zgrupowano w centralnej części, a wyświetlacz ma specyficzną konstrukcję. Rozwiązanie to nie wszystkim się jednak podoba, nie braknie kierowców przyzwyczajonych do tradycyjnych zegarów. Na pochwałę zasługuje duża liczba schowków.
Konstruktorzy Yarisa udowodnili, że mały samochód może być również bezpieczny - w testach zderzeniowych osiąga bardzo dobre wyniki.